抗日战争进入相持阶段后，八路军一一五师、一二九师根据中共中央确定的“巩固华北，发展华中，建立敌后根据地”的战略方针，先后挺进冀鲁豫平原，协助当地党组织发动群众，扩大武装，打击敌伪，建立政权，极大地促进了冀鲁豫边区抗日根据地的形成和发展。
1941年，冀鲁豫边区进入艰苦时期，在这种形势下，边区党委亟待主办一份大型日报，以加强对抗日军民的宣传和工作指导。1941年8月1日，作为冀鲁豫区党委机关报的《冀鲁豫日报》创刊。该报由鲁西区党委领导的《鲁西日报》和(老)冀鲁豫区党委所属的《鲁西日报》和《卫河日报》合并而成，《冀鲁豫日报》为日刊或3日刊，每期4开2版，以群众喜闻乐见的形式，积极宣传党的路线、方针、政策，报道国内外反法西斯战争的进展情况、冀鲁豫边区各项工作的成就和经验以及英雄模范人物的光辉事迹。
报社在创刊时有工作人员50多人，其中大部分是各级党委选调的年轻、有文化的优秀党员。当时的工作环境相当困难，他们在地下室或山洞工作，吃的只有高粱窝头（很多时候只能喝高粱粥），照明用的是食油灯或煤油灯；机器转动靠人力摇轮；一些同志在残酷的对敌斗争中被捕、牺牲，为人民的新闻事业流尽了最后一滴血……即便如此，报社全体同志始终保持着高昂的斗志和饱满的热情。按照工作流程，报社编辑部(包括电台和缮写人员)编好报纸版面并缮写后，交由石印技师转成药纸版，交付给交通员。交通员通过敌人封锁线送往分散在各地的印刷厂；各厂印好报纸后，送交当地交通局或交给交通局驻印刷厂人员，“随印随发”。报社的采编、印刷和发行工作并采取了“封闭式的保密措施”：报社各部门分散在距敌据点较远、我党基础好、群众觉悟高的农村；工作间往往设在地下室，地下室上方再建一栋新房以做掩护；报社工作人员深深扎根在群众之中，他们平时身着便衣，和所在驻地群众打成一片，亲如一家，让外人很难分辨；为应对敌人“扫荡”，印刷厂材料科等都设有地下通道和地下仓库。日伪虽多次进行针对性的“扫荡”，但在广大根据地军民的支持和保护下，报社“非常安全”，不仅未受到任何损失，工作者队伍反而更加发展壮大。
1943年后，随着各根据地被分割的局面逐渐打通，《冀鲁豫日报》发行渠道日益畅通，发行量也逐步增大，纸张、油墨、铅字的使用量也日趋上升。为保障出报物资供应，报社除大力在根据地各地收购“土纸”外，还派人化装潜入敌占区，秘密购回油墨、铸字炉、字模，印刷器材等。到1944年，随着冀鲁豫边区的大部县城被八路军陆续克复，中心区与各专区的交通更加畅通，各部队将缴获敌人的印刷器材和物资接连运抵报社和印刷厂，出报物资的供应问题基本得到解决。当年夏，报社设立了3个石印厂和报纸分销处，不仅把报纸迅速运到根据地机关、部队和人民群众手中，还通过报社的通讯员将报纸送入敌占区。
1945年8月，日本宣布无条件投降，《冀鲁豫日报》在第一时间出版号外加以报道。1945年底到1946年初，奉区党委指示，报社及印刷厂陆续迁入菏泽办公。
1946年6月，蒋介石公然挑起内战，派国民党军大举进攻解放区，《冀鲁豫日报》于7月被迫撤出菏泽。在随后的时间里，《冀鲁豫日报》不仅坚持照常出版，更及时刊载《把游击战争的火把在蒋贼进犯军的侧后普遍燃烧起来》等文章，揭露美帝国主义支持蒋介石反动派发动内战的阴谋，号召边区军民奋起反击国民党反动派的进攻，保卫胜利果实。
随着对敌斗争形势的严峻，报社再次开始了紧急且频繁的转移（仅1946年9月到1947年初这段时间，报社就转移了5次）。在转移途中，即使在晚上休息时，报社同志也时刻保持临战态势，把油灯、火柴、枪、公文包等放在身边，一有情况，立即出发。为了在转移期间不停出版，报社领导和编辑、印刷部门同志经过研究，确立了多项应变措施并组织实施，从而有力保障了“每天有报，期号相连不断”。
1949年淮海战役胜利结束后，报社迁回到菏泽城内。8月，《冀鲁豫日报》随着冀鲁豫边区的撤销而停刊，并入《平原日报》社，完成了党和人民赋予的使命。
